Národní institut pro neurologický výzkum vznikl jako projekt v rámci programu EXCELES Národního plánu obnovy. Současně s NINR vznikly čtyři další instituce, které jsou financovány z „Programu podpory excelentního výzkumu v prioritních oblastech veřejného zájmu ve zdravotnictví – EXCELES“, který je financován z prostředků Evropské unie prostřednictvím Nástroje pro oživení a
odolnost – Next generation EU.